В статье рассмотрен методический подход к ранжированию, основанный на экспертно-аналитическом анализе индикаторов устойчивого развития регионального АПК, проведен выбор стратегических приоритетов в управлении АПК регионов ЮФО, что позволило развить подходы к управлению региональным АПК на основе выделения экономических кластеров (на примере зернового подкомплекса Краснодарского края), разработать организационно-экономический механизм реализации концепции устойчивого развития агропромышленного комплекса.